由于新生儿和低体重新生儿的呼吸、心血管和代谢系统有其独特的发育特点，因此在麻醉恢复期危险性更高，常见的并发症有：
术后呼吸暂停：
新生儿，尤其是低体重或有窒息史的新生儿，术后发生呼吸暂停的几率增加。术后呼吸暂停可持续15~20s，伴心动过缓与氧饱和度降低、皮肤青紫或苍白、肌肉张力减低，多在术后2h内发生，但也可在术后12h发生。
尤其是矫正胎龄不足40周的早产儿，以及贫血、脓毒血症、低温、中枢神经系统疾病、低糖血症或其他代谢紊乱的婴儿，全麻中发生呼吸停止和心动过缓的几率更高。术后呼吸暂停的常见原因包括患儿脑干发育不全导致对高碳酸血症与低氧血症的通气反应异常，还有肺不张、低温、吸入麻醉药或麻醉性镇痛药等因素。由于术后呼吸暂停的高发性与病情的严重性，应加强术后心肺功能的监测，直至术后12~24h，协助患儿安全度过窒息的高风险期。
低血压：
新生儿心血管系统的发育不全、代偿能力差，主要靠增加心率来满足心排出量的要求。麻醉药物对循环系统存在不同程度的抑制作用，易出现低血压、心动过缓。因此术中维持患儿心率十分重要。吸入麻醉药消弱新生儿的压力感受器反射机制，并可持续至手术后期，致使新生儿对失血的反应能力差。维持血容量是术后的关键措施，必须确定术后是否有血容量的继续丢失，根据需要及时补充。
代谢并发症：
应激性高糖血症：常见于新生儿的手术恢复期。高糖血症显著或持续时间长可发生高渗血症，血浆渗透压增高、高渗性利尿、水和电解质大量丢失，引起脱水、烦渴、多尿等，甚至休克，严重者可致颅内出血。由于高糖血症新生儿的死亡率和颅内出血发生率较比血糖正常者高，因此在术中应动态监测血糖。
低体温：低体温有很大的危险性，可间接导致代谢率和氧耗量增加而引起低氧血症、酸中毒和呼吸暂停。低体温时，许多药物尤其是肌松药和麻醉药的作用时间将明显延长，导致苏醒延迟。因此术中和术后应注意保温。
反流误吸：
由于新生儿的生理及解剖特点，在麻醉苏醒期发生反流误吸的几率并不低，尤其是某些腔镜和长时间的手术。如发生反流误吸，处理包括：予以充分地吸引，吸氧，加用PEEP，静脉注射糖皮质激素，必要时支气管灌洗等。
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