试管婴儿技术使用过程中需要使用促排卵技术，常常会刺激多个卵泡发育。如果发育的卵泡数目过多如超过20个，就可能造成卵巢过度刺激综合征，即出现腹胀、腹水、尿少等症状和体征。
出生缺陷是准爸爸、准妈妈最关心的问题。2005年美国科学家做了一项研究比较了1500名采用试管婴儿技术出生的婴儿、340名采用人工授精技术出生的婴儿和8400名自然受孕婴儿的出生缺陷发生率，发现三者的缺陷率分别4.4%、5.0%和6.3%。
近期越来越多的研究发现5岁、8岁、10岁不同年龄段的试管婴儿技术出生的孩子在情商、智商以及运动能力等方面和自然受孕出生的孩子不但没有差距，甚至略微胜出一筹。
