自然流产的原因很多，大体可分为胚胎染色体因素和母亲因素，早期流产常见的原因是胚胎染色体异常、孕妇内分泌异常、生殖器官畸形、生殖道感染、生殖道局部或全身免疫异常等；而晚期流产多由宫颈功能不全、母儿血型不合等因素引起。
胚胎染色体异常
染色体异常是自然流产最常见的原因，在自然流产中，46～54％与胚胎染色体异常有关。而且流产发生越早，胚胎染色体异常的频率越高。染色体异常包括数量异常和结构异常，在数量异常中染色三体居第1位，占52％，染色体异常结构异常主要是染色体易位（3．8％）嵌合体（1．5％）等，染色体倒置、缺失和重叠等。
母亲因素
母亲多囊卵：有人发现在习惯性流产中多囊卵巢的发生率可高达58％，而且其中有56％的患者LH呈高分泌状态。现认为多囊卵巢的浓度的LH可能导致卵细胞第二次减数分裂过早完成，从而影响受精卵和着床过程。
母亲黄体功能不良：黄体中期孕酮峰值低于9ng／ml，或子宮内膜活检与月经时间同步差2天以上即可诊断为黄体功能不良。高浓度孕可阻止子宫收缩，使妊娠子宫保持相对静止状态；孕酮分泌不足，可引起妊娠蜕膜反应不良，影响孕卵着床和发育，导致流产，孕期孕酮的来源有两条途径：一是由卵巢黄体产生，二是胎盘滋养细胞分泌。孕6－8周后卵巢黄体产生孕酮渐渐减少，之后由胎盘产生孕酮替代，如果两者衔接失调则易发生流产。孕酮分泌不足与流产密切相关，习惯性流产中有23％－60％的病例存在黄体功能不全。
母亲糖尿病：糖尿病患者妊娠早期在（21天内）血糖控制良好者，流产的发生率与非糖尿病无差异。但不良者流产发生率可高达15％～30％，另外妊娠早期高血糖控制不良可能是造成胚胎形的危险因素。
母亲高催乳素血症：高水平的催乳素可直接抑制黄体颗粒细胞增生及功能。高催乳素血症的临床主要表现为泌乳和闭经经，当催乳素处于正常值上限时则可表现为黄体功能不全。
生殖器官解剖因素子宫畸形：子宫畸形如单角子宫、双角子宫、双子宫、子宫纵隔
Asherman综合征：由宫腔创伤（如如刮宫过深）、感染或胎盘残留腔内环境造成流产等引起宫腔黏连和纤维化。宫腔镜下做子宫内膜切除或黏膜下肌瘤切等，可影响子宫血供，手术也可造成宫腔黏连。子宫内膜不足可影响胚胎种植，导致复发性流产。宫腔鏡有助于本征的诊断。 Romer等用宫腔镜对一组病例进行检查，发现不全流产和过期流产后的病例宫腔黏连的发生为20％，复发性流产病例高达50％。
宫颈功能不全：宫颈功能不全是导致中、晚期流产的主要原因。宫颈功能不全在解剖上表现为宫颈管过短或宫颈内口松弛。由于解剖上的缺陷，随着妊娠的进程程子宫增大，宫腔压力升高，多数患者在中、晚期妊娠出现无痛性的宫颈管消退、宫口扩张、羊膜囊突出胎膜破裂，最终发生流产。宫颈功能不全主要由于宮颈局部创、（分绝、手术助产、刮宫、宫颈锥形切除、 Manchester手术等）引起，先天性宮颈发育异常较少见；另外，胚胎时期接触己烯雌酚也可致颈发育异常。
生殖道感染
有一些生殖道慢性感染被认为是早期流产的原因之一。能引起反复流产的病原体往往是持续存在于生殖道而母体很少产生症状，而且此病原体能直接或间接导致胚胎死亡。生殖道逆行感染一般发生在娠12周以前，过此时期，胎盘与蜕膜融合，构成机械屏障，而且随着妊娠进程，羊水抗感染力也逐步增强，感染的机会减少。
细菌感染：布鲁菌属和弧菌属感染可导致动物（牛、猪、羊等）流产，但在人类还不肯定有人认为李司忒菌与相关性流产有一定的关系，但缺乏确切的证据。
妊娠期沙眼衣原体感染率为3％－30％，但是否直接导致流产尚无定论
支原体：流产患者宫颈及流产物中支原体的阳性率均较高，血清学上也支持人支原体和解脲支原体与流产有关。
弓形虫：形虫感染引起的流产是散发的，与习惯性流产的关系尚未完全证明。
病毒感染：巨细胞病毒经胎盘可累及胎儿，引認心血管系统和神经系统畸形，致死或流产。妊娠前半期单纯疱疹感染流产发生率可高达70％，即使不发生流产，也易累及胎儿、新生儿。妊娠初期风疹病感染者流产的发生率较高。人免疫缺陷病毒感染与流产密切相关HV－1抗体阳性是流产的独立相关因素。
免疫因素
免疫因素引起的流产特别是复发性流产、习惯性流产可分为两种，即自身免疫型和同种免疫型。自身免疫型通常可从患者体内检出各种自身抗体，主要是抗磷脂抗体。同种免疫型患者经病因筛查，排除常见的病因，故又称不明原因性习惯性流产；此类主要与妊娠期生理防护性免疫反应不良，免疫抑制因子或封闭因子不足有关，最终胚胎遭受免疫损伤，导致流产。
自身免疫型：自身免疫型习惯性流产主要与患者体内抗磷脂抗体有关，部分患者同时可伴有血小板减少症和血栓栓塞现象，这类病人可称为早期抗磷脂抗体综合征。另外外，自身免疫型习惯性流产还与其
抗磷脂抗体的成分：抗磷脂抗体是一种自自身免疫性抗体，其中包括其他自身抗体有关。
包括狼疮抗凝因子（LAC）、抗心磷脂抗体（ACL）、抗磷脂酰丝氨酸抗体（APSA）、抗磷脂酰肌醇抗体（APLA）、抗磷脂乙醇胺抗体（APEA）及抗磷酯酸抗体（APAA）等。在多种自身免疫病中可以同时检出几种抗体；其中以抗心磷脂抗体和狼疮抗凝因子最具代表性和临床意义。抗心磷脂抗体有3种类型：IgG，lgA，lgM；其中以IGg最具临床意义。
