关于益生菌，家长们会陷入一种误区：认为益生菌是万能药，任何情况下服用都只有好处没有坏处，益生菌可以解决孩子所有健康问题，帮助预防所有疾病。这种观念是错误的，孩子服用的为益生菌制剂，除了益生菌外，还包括添加成分，比如脱脂奶粉、调味剂等，如果孩子本身消化功能有问题，或易过敏，那么一定要在医生指导下选择和使用益生菌。
我们的生活坏境中充满了各种各样的有益菌和有害菌，宝宝的身体菌群也是这样。当孩子肠胃功能出现问题时，通常会导致肠道内菌群失调，例如有益细菌减少，有害细菌增多，这个时候补充益生菌，相当于直接补充正常生理菌群，帮助抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。
但是当孩子身体中的各类细菌处于动态平衡状态下，也就是常说的“菌群平衡”时，再额外补充很多益生菌就可能会导致其他有益菌的减少，即产生“菌群失调”，身体就会出现问题。我们甚至可以把这个“菌群平衡”想象成大自然的生态平衡，任何一类生物的大幅增值都可能会影响整个生态系统。
近年来，许多益生菌已成为广为使用的健康食品，而最常见的是乳酸菌，许多家长们经常购买这类饮品做为儿童的零食。研究报告证实服用益生菌有很多益处，但这些益生菌的害处却很少被报告，医学文献上也仅有极少数病患，被报告因使用益生菌造成严重的感染疾病。
2005年1月份儿科医学杂志（J. Pediatrics 2005,115:178-181），美国北卡罗来纳的兰德医师等报告2位儿童病例，年龄分别为6周及6岁，均因严重细菌感染而使用大量的抗生素治疗，但造成严重腹泻的合并症，故使用益生菌（乳酸菌）治疗腹泻。但在使用乳酸菌20～40天后，再度发烧，引起败血症，而且血液培养出乳酸菌后，经抗生素治疗后痊愈。
北京天使儿童医院提醒：虽然乳酸菌为益生菌，对健康的成人及儿童均有所助益，对儿童腹泻也有所帮忙，但在体弱多病或免疫缺乏的幼儿，也可能引致败血症、心内膜炎，所以必须小心使用，甚至需暂时禁用。
