中国一直是抗生素的使用大国，据统计，在我国有2/3的儿童在一岁前就已经使用过抗生素。
虽然抗生素对于儿童的细菌感染是有效的，而且有的时候可能是救命的；但是，它们对于病毒感染是无效的。不必要的抗生素使用通常会带来潜在的副作用，包括腹泻、呕吐、皮疹和过敏反应。过度使用抗生素也会增加更广泛的细菌耐药性的风险。这也使得常用抗生素变得对某些细菌无效，使得某些感染的治疗变得更加困难甚至不可能。
研究人员也开始意识到，在出生前和生命早期使用抗生素可能会带来其它长期的健康危害，包括感染、肥胖和哮喘的风险增加。目前，大多数导致儿童感染的细菌对抗生素反应良好。但是，如果我们不谨慎使用抗生素，这种情况可能会发生改变。
感染
我们的肠道中含有大量细菌以及病毒、真菌和其它微生物，它们统称为肠道菌群。我们的肠道微生物对于正常的健康和发育至关重要，并且与越来越多的身心健康问题联系在一起，比如心理健康、免疫、肥胖、心脏病和癌症。
婴儿在出生时首次与大量细菌和其它微生物相接触。顺产的婴儿从母亲的产道获得最初的微生物；而剖腹产的婴儿更可能从母亲的皮肤和医院获得微生物。母亲在怀孕期间使用抗生素可以改变母亲的微生物组，从而改变婴儿所获得的微生物特征。
抗生素不仅会杀死引起感染的细菌，还会杀死其它细菌，包括那些有益的细菌。由此而导致的菌群不平衡被称为微生态失调。
婴儿从母亲分娩时所获得的早期微生物，会帮助“训练”婴儿在生命的最初几周和几个月中免疫系统的发育。怀孕期间使用抗生素可以改变母亲的微生物组，进而改变婴儿的微生物组，从而影响婴儿早期的免疫反应。这可能会增加儿童期感染的风险。
最近的一项研究表明，母亲在怀孕期间使用抗生素与她的孩子在出生后头六年内发生严重感染以至于需要住院治疗的风险增加有关。那些怀孕期间接受更多抗生素治疗以及那些接近分娩时还在接受抗生素治疗的母亲，其婴儿发生严重感染的风险增加更大。这表明抗生素会影响母亲的微生物组，对后代产生影响。 母子之间共有的其它遗传和环境因素也可能发挥作用。
肥胖
抗生素作为一种生长促进剂被广泛用于养殖中，据估计现在每年所有抗生素使用的80％是在动物养殖中。抗生素可以通过改变牲畜的肠道微生物，在新陈代谢和能量获取中发挥主要作用，因而使牲畜长得更快。
抗生素也可能在促进人类生长方面发挥类似的作用。有证据表明，妊娠期使用抗生素与婴儿出生体重增加和生命早期的肥胖有关。但是仍然需要大量的研究来解释其它可能的重要贡献因素。儿童早期抗生素的使用与肥胖之间的关系十分清晰。尽管抗生素类型和使用时间的重要性尚不清楚，但是在生命第一年内使用抗生素与肥胖风险增加10-15％有关。
哮喘
伴随着抗生素的使用，儿童哮喘的发病率上升，这也使得研究人员对两者之间的相关性产生了兴趣。
一项观察性研究表明，妊娠期或婴儿期使用抗生素与晚期哮喘风险增加之间存在关联。 这也表明抗生素诱导的微生态失衡对免疫系统的影响。然而，一项基于人口的大规模研究发现，哮喘和抗生素之间的联系主要归因于许多其它因素，包括导致哮喘的呼吸道感染以及抗生素使用不当去治疗一些未知的哮喘症状。但是，其它研究发现，这些因素并不能完全解释抗生素使用与哮喘之间的联系。更好地了解肠道微生物在哮喘发生中的作用将有助于阐明抗生素的影响。
其它联系
儿童早期，特别是出生后12个内月使用抗生素与克罗恩病和乳糜泻等胃肠道疾病有关。 确切的风险我们很难量化，但是据报道，接受超过7个疗程的抗生素治疗的儿童患克罗恩病的风险增加7倍。其它儿童期的炎症性疾病，包括幼年特发性关节炎，也表现出类似的相关性。
然而，与哮喘一样，这些都只是观察性研究，相关性的研究发现并不能证明其因果关系：这些儿童可能是因为未知的胃肠道疾病或炎症性疾病或感染症状而接受抗生素治疗。
最后，成年早期使用抗生素与肠癌有关。随着抗生素使用疗程的增加，风险也随之增加。 儿童期抗生素的使用是否与成人的肠癌风险有关尚待研究。
抗生素是最重要的医学发现之一，如果使用得当确实可以挽救生命。但是使用不当会导致儿童和成人潜在的无法治疗的耐药性感染以及长期健康问题。
最近的一项评估预测，如果不限制抗生素的使用，到2030年，全球抗生素的使用量将增加三倍。除非我们共同努力减少抗生素的过度使用，否则未来我们的孩子可能会面临各种各样的慢性疾病。 早期抗生素使用的长期不良影响将在年轻的时候慢慢显现出来。
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