益生菌下面这些作用，在医疗机构或多或少都在这么用，但是这些作用证据有限，可能还需要进一步研究证明，或者有些作用只能作为辅助治疗，辅助治疗的意思是，它不能单打独斗，它必须和其他药物一起使用，才能起到治疗效果。话说回来，如果下面的这些作用真的是证据确凿，那么在药品说明书适应症中，国家早就会批准增加了。
功能性胃肠道疾病
功能性胃肠道疾病往往病因不明确，可能与肠道运动功能失调、内脏敏感性增高、粘膜免疫炎症、中枢和肠神经轴调节异常或肠道菌群紊乱等有关，目前缺乏有效的治疗。
益生菌具有酸化肠道、改善排便和调节肠道免疫炎症反应的作用。常见的功能性胃肠道疾病有：功能性消化不良、包括小儿厌食症，功能性便秘，功能性腹痛和肠易激综合征等。
对功能性消化不良、功能性便秘和功能性腹痛，会使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌、枯草杆菌、酪酸梭菌等益生菌药物。但是对于便秘，益生菌治疗作用证据总是不足。只有益生元药物（乳果糖）对功能性便秘疗效确切，推荐使用。
肠易激综合征是常见的功能性胃肠道疾病，就是“肠道脾气不好易激动易怒”的赶脚，持续或间歇发作，以腹痛、腹胀、排便习惯和（或）大便性状改变为主要表现。会使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌、酪酸梭菌和布拉氏酵母菌药物，能够全面缓解肠易激综合征的症状，
肝胆疾病
益生菌可以通过参与胆汁代谢，降低肠道中β-葡萄糖醛酸苷酶活性，减少胆红素的肠肝循环，酸化肠道、促进肠蠕动等机制促进胆红素转化和排泄。对新生儿高胆红素血症和母乳性黄疸，会使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌、枯草杆菌、酪酸梭菌、芽孢杆菌等益生菌药物作为辅助治疗。
肝病患者往往存在肠道菌群紊乱，严重肝脏疾病，如重症肝炎、肝硬化及肝功能衰竭等存在着不同程度的内毒素血症。对肝病（包括婴儿肝炎综合征）患者，会使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌和芽孢杆菌等益生菌药物作为辅助治疗。防治高血氨，会使用乳果糖作为辅助治疗。
湿疹等过敏性疾病
婴儿湿疹与遗传、食物过敏、肠道菌群紊乱以及肠道通透性增加有关。湿疹的原因多种多样，会使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌、枯草杆菌和酪酸梭菌制剂作为湿疹的辅助治疗，可能会有一定的作用，这是国内专家的最新建议，但对高危人群湿疹的预防，特别是婴幼儿，国外研究结果不一致。对婴儿食物过敏、过敏性鼻炎和过敏性哮喘的预防和治疗，目前研究很少。
乳糖不耐受
双歧杆菌、乳杆菌和嗜热链球菌含有β-半乳糖苷酶，能够分解乳制品中的乳糖，减轻乳糖不耐受病人的症状，或在肠道中迅速分解乳糖，使乳糖不耐受患者不易发生腹泻等症状。但是具体疗效是不是真的很好，还是缺乏足够的证据。只是对于买不到乳糖酶的麻麻们，或许使用这些菌株制成的制剂，能够带来某种希望。
幽门螺杆菌感染
在成人中使用双歧杆菌、乳杆菌和粪链球菌制剂，联合抗幽门螺杆菌三联或四联疗法，能够提高对幽门螺杆菌的清除率，减少抗生素引起的副作用，在儿童可以试用。虽然幽门螺杆菌感染阳性的宝宝不多，但对于幽门螺杆菌顽固性的儿童感染者，治疗方案中或许多了一把利器！
保健作用
婴幼儿期是肠道菌群形成的关键时期，容易受到疾病、使用抗生素、喂养方式、生活环境等因素的影响，而容易出现菌群紊乱。菌群紊乱既可以引起感染等急性疾病，又与一些慢性疾病如过敏性疾病等有关，对儿童的健康可能产生长远影响。
在理论上益生菌具有维持肠道菌群稳定、增强免疫功能、促进钙、铁和各种维生素等吸收作用，对儿童有增进健康和预防疾病的作用，根据情况可以使用，但目前的确切证据有限，其实际效果有待更多的临床研究和观察。
其他知识
儿童个体差异性：由于个体出生后，肠道结构和功能的发育情况不同，影响发育的因素不同，肠道菌群紊乱的程度和方式也不同，因此不同病人对同一药物同一剂量的效果可能出现差异。麻麻在具体选择使用时，详情应咨询医师或药师。
与抗生素合用问题：益生菌药物为活的微生物，应避免与抗生素同时服用，以免影响疗效。若需同时应用抗生素，应加大益生菌剂量或错开服药时间，最好间隔2小时以上。胃肠道外使用抗生素影响较小。布拉氏酵母菌、酪酸菌和芽胞杆菌制剂对抗生素不敏感，可以与抗生素同时使用。
最后，目前益生菌制剂的临床应用范围越来越广泛，但是要告诉麻麻的是，此类药物不是包治百病的“万能药”，应该结合宝贝的具体情况，了解是否已经或有可能存在菌群紊乱，是否有使用的指征等，避免在家滥用益生菌制剂。
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